События ленты разворачиваются сразу после финала первого фильма про человека-муху: беременная подруга погибшего ученого Сета Брандела уезжает из лаборатории, где проводились эксперименты, и рождает сына Мартина. Мальчика забирают в корпорацию, где он растет в полной изоляции под наблюдением ученых, не имея возможности общаться с обычными сверстниками.
