После событий второй части, когда Алекс, Марти, Глория и Мелман вместе с королем Джулианом, пингвинами и другими жителями зоопарка едва не вернулись в Нью-Йорк, их путь снова идет не по плану. Герои оказываются в центре Европы, где случайно натыкаются на бродячий цирк, который как раз ищет новых артистов, чтобы не закрыться.
